Công đoàn trường THPT chuyên Nguyễn Trãi ra đời năm 1984 cùng thời điểm thành lập trường. Đến nay Công đoàn đã hoàn thành xuất sắc trọng trách lớn lao là phối hợp với các tổ chức trong nhà trường thực hiện các nhiệm vụ được giao, đồng thời cũng là nơi chia sẻ, chăm lo, ổn định, cải thiện đời sống của cán bộ, giáo viên, nhân viên, người lao động.